Антибиотик-ассоциированная диарея чаще всего является результатом дисбаланса микрофлоры в толстом кишечнике, вызванная антибиотикотерапией. Исследователи, сделавшие обзор 16 различных исследований отражающих оценку более чем 3400 пациентов, пришли к выводу, что некоторые пробиотики оказывают защитный эффект в состоянии антибиотик-ассоциированной диареи.<ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22071814</ref><ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16939749</ref> Уменьшить частоту и тяжесть ААД также помогут некоторые пробиотики, как доказано в нескольких мета анализах.<ref>D'Souza AL, Rajkumar C, Cooke J, Bulpitt CJ (June 2002). "Probiotics in prevention of antibiotic associated diarrhoea: meta-analysis". BMJ 324 (7350): 1361. doi:10.1136/bmj.324.7350.1361. PMC 115209. PMID 12052801.</ref><ref>Cremonini F, Di Caro S, Nista EC, Bartolozzi F, Capelli G, Gasbarrini G, Gasbarrini A (August 2002). "Meta-analysis: the effect of probiotic administration on antibiotic-associated diarrhoea". Aliment. Pharmacol. Ther. 16 (8): 1461–7. doi:10.1046/j.1365-2036.2002.01318.x. PMID 12182746.</ref><ref>McFarland LV (April 2006). "Meta-analysis of probiotics for the prevention of antibiotic associated diarrhea and the treatment of Clostridium difficile disease". Am J Gastroenterol 101 (4): 812–22. doi:10.1111/j.1572-0241.2006.00465.x. PMID 16635227.</ref><ref>Szajewska H, Mrukowicz J (2005-09-01). "Meta-analysis: non-pathogenic yeast Saccharomyces boulardii in the prevention of antibiotic-associated diarrhoea". Aliment Pharmacol Ther 22 (5): 365–72. doi:10.1111/j.1365-2036.2005.02624.x. PMID 16128673.</ref><ref>Szajewska H, Ruszczyński M, Radzikowski A (September 2006). "Probiotics in the prevention of antibiotic-associated diarrhea in children: a meta-analysis of randomized controlled trials". J Pediatr 149 (3): 367–372. doi:10.1016/j.jpeds.2006.04.053. PMID 16939749.</ref><ref>Sazawal S, Hiremath G, Dhingra U, Malik P, Deb S, Black RE (June 2006). "Efficacy of probiotics in prevention of acute diarrhoea: a meta-analysis of masked, randomised, placebo-controlled trials". Lancet Infect Dis 6 (6): 374–82. doi:10.1016/S1473-3099(06)70495-9. PMID 16728323.</ref> Например лечение пробиотиками включающих Lactobacillus rhamnosus, существенно снижает риск развития антибиотик-ассоциированной диареи, улучшает консистенцию стула во время антибиотикотерапии, а также повышает иммунный ответ после вакцинации.<ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10545590</ref> Однако потенциал пробиотика при профилактики ААД зависит от штамма бактерии и его концентрации в препарате.<ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18542041</ref><ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18545161</ref> В результатах исследования Cochrane Collaboration где было проанализировано примерно 3400 участников, говорится, что при употреблении менее 5*10¹² КОЕ/сут не приводит к положительной динамике в течение заболевания антибиотик-ассоциированной диареи. В исследовании применялись штаммы моногенные или комбинированные препараты со штаммами Bacillus spp., Bifidobacterium spp., Lactobacilli spp., Lactococcus spp., Leuconostoc cremoris, Saccharomyces spp., or Streptococcus spp., отдельно или в комбинации.<ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22071814</ref>