Благодаря повышенному уровню высвобождения энергии, во время приема карнитина возможно развитие [[Бессонница|бессонницы]], хотя это наблюдается крайне редко. Для предотвращения этого нужно принимать L-карнитин в первой половине дня, к тому же в это время он более эффективен.

Не принимайте L-карнитин, если вы выполняете процедуру гемодиализа. Были известны случаи, когда при этом возникала миастения.