В организме бета-аланин образуется в результате деградации дигидроурацила и карнозина[[карнозин]]а. Входит в состав естественных белков карнозина и ансерина, а также является частью [[Пантотеновая кислота|пантотеновой кислоты]] (витамин В5), которая входит в состав кофермента А. В организме бета-аланин метаболизируется до уксусной кислоты.