В некоторых ситуациях, когда человек находится в критическом состоянии, пробиотики могут быть вредными. В клинических испытаниях, проведенных исследовательской группой Голландский ученых, было выявлено,что потребление смеси шести пробиотических бактерий увеличивало смертность пациентов с панкреатитом с прогнозируемым тяжелым острым панкреатитом.<ref>Besselink М.Г.MG, ван van Santvoort НСHC, Buskens ЕE, Boermeester М.А.MA, ван GOOR van Goor H, Тиммерманом ТМTimmerman HM, Nieuwenhuijs VB, Боллен Bollen TL, Ван van Ramshorst B, Виттман ЛЮWitteman BJ, Росмэн Rosman C, Ploeg RJ, Brink М.А. MA, Schaapherder AF, Dejong CH, Вахаб Wahab PJ, ван van Laarhoven CJ ван дер Хэрст , van der Harst E, ван van Eijck CH, Куэста М.А.Cuesta MA, Аккерманс Л.М.Akkermans LM, Gooszen HG (февраль February 2008 г.). "Пробиотик профилактика в прогнозируемым тяжелым острым панкреатитомProbiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: рандомизированноеa randomised, двойное слепоеdouble-blind, плацебоplacebo-контролируемое исследование controlled trial". Lancet 371 (9613): 651-9651–9. DOI doi: 10.1016 / S0140-6736 (08) 60207-X . PMID 18279948 .</ref>

Многие пробиотики принимаются орально, однако большинство бактерий погибают погибает в кислой среде желудка.<ref>Ислам М.А.Islam MA, Yun чCH, Чой Choi YJ, чо Cho CS (2010). "Микрокапсулирование живых пробиотических бактерийMicroencapsulation of live probiotic bacteria" (PDF). Журнал микробиологии и биотехнологии Journal of Microbiology and Biotechnology 20 (1367-13771367–1377) :1367–1377. 1367-1377 DOI doi: 10,.4014 / JMB jmb.1003.03020 . PMID 21030820 .</ref> В клинических испытаниях [http://www.uwa.edu.au/ Университета Западной Австралии], которые проводились с целью определения эффективности пробиотиков в сокращении риска возникновения аллергии у детей. В эксперименте приняло участие 178 детей, которым давали пробиотики или плацебо в течении первых 6 месяцев жизни. В результате оказалось, что дети которым были прописаны пробиотики были более чувствительны к различным аллергенам.<ref>Bee, Peta (November 10, 2008). "Probiotics, Not so friendly after all". The Times (London).</ref> По сообщениям некоторых госпиталей, у пациентов с септицемией - форма сепсиса, для которой характерны выраженный токсикоз, в лечении которых применялись lactobacillus наблюдалось ухудшение состояние и ослабление иммунитета.<ref>Bee, Peta (November 10, 2008). "Probiotics, Not so friendly after all". The Times (London).</ref><ref>"So-called 'friendly' bacteria may be dangerous, according to new research - so which should you be taking?". Daily Mail. 29 January 2008.</ref> В 2007 году была опубликована работа о влиянии пробиотиков на кур, в которой исследователи заявили, что ожирение птицы связано с применением Lactobacillus fermentum или Lactobacillus SPP в их корме.<ref>Khan M, Raoult D, Richeta H, Lepidia H, La Scola B (2007). "Growth-promoting effects of single-dose intragastrically administered probiotics in chickens". British Poultry Science 48 (6): 732–735. doi:10.1080/00071660701716222. PMID 18085457.</ref> Именно это исследование положило начало мифу о том, что йогурты могут вызывать ожирение.<ref>Raoult D (September 2009). "Probiotics and obesity : a link ?". Nature Reviews Microbiology 7 (9): 616. doi:10.1038/nrmicro2209. PMID 21548178.</ref> Тем не менее, в настоящий момент не существует статистически достоверных фактов подтверждающих это мнение.<ref>Raoult, Didier (2009). "No link between probiotics and obesity? Author reply". Nature Reviews Microbiology 7 (12): 901. doi:10.1038/nrmicro2209-c3.</ref><ref>Ehrlich SD (2009). "Probiotics - little evidence for a link to obesity". Nature Reviews Microbiology 7 (12): 901; author reply 901. doi:10.1038/nrmicro2209-c1. PMID 19915581.</ref>