Диета вызывает множество споров и разногласий. Так, Британская диетическая Ассоциация внесла палеодиету, в пятерку худших популярных диет 2015 года, заявив, что такой рацион питания - "верный путь к развитию питательной недостаточности".<ref>"Top 5 Worst Celebrity Diets to Avoid in 2015". British Dietetic Association. 8 December 2014. Retrieved February 2015. An unbalanced, time consuming, socially isolating diet, which this could easily be, is a sure-fire way to develop nutrient deficiencies, which can compromise health and your relationship with food.</ref>. В исследовании ученых антропологии университета штата Арканзас говорится, что люди жившие в период палеолита не имели болезней цивилизации поскольку продолжительность жизни была в разы ниже нежели у современного человека и древние люди не доживали до развития хронических болезней.<ref>Ungar, Peter S.; Grine, Frederick E.; & Teaford, Mark F. (October 2006). "Diet in Early Homo: A Review of the Evidence and a New Model of Adaptive Versatility" (PDF). Annual Review of Anthropology 35 (1): 209–228. doi:10.1146/annurev.anthro.35.081705.123153.</ref> В другой статье опубликованной под названием "The paleolithic prescription: a program of diet & exercise and a design for living" ученые проводят анализ современного и древнего человека, в итоге сделан вывод, что избыток калорий по отношению к затратам энергии лежит в основе болезней изобилия, а не потребление определенных продуктов. "Проблема здоровья индустриального мира заключается в легкодоступности продуктов питания, а также дисбалансе потребляемой и растрачиваемой энергии".<ref>Leonard, William R. (December 2002). "Food for thought: Dietary change was a driving force in human evolution" (PDF). Scientific American 287 (6): 106–15. PMID 12469653.</ref>

''"Геном человека сформировался в эпоху палеолита и ранее – следовательно, продукты, появившиеся позже, противоречат генетической структуре человека и правильной системе питания, вследствие чего они приводят к постоянным проблемам со здоровьем. Последователи палеолитической диеты утверждают, что причина, по которой мы должны ее придерживаться, состоит в том, что наш организм, в особенности наша пищеварительная система, приспособился именно к этой пище. Утверждается, что употребление молочных и прочих продуктов, которые были недоступны до появления сельского хозяйства, бросает вызов одновременно и эволюции, и нашему организму. По оценкам польского исследования 2012 года, 70% энергии, необходимой нам ежедневно, человек западного мира получает из пищи, которую первобытные люди ели очень редко или не ели вовсе: молочных продуктов, злаков, рафинированного сахара и переработанных жиров."''