Диета вызывает множество споров и разногласий. Так, Британская диетическая Ассоциация внесла палеодиету, в пятерку худших популярных диет 2015 года, заявив, что такой рацион питания - "верный путь к развитию питательной недостаточности".<ref>"Top 5 Worst Celebrity Diets to Avoid in 2015". British Dietetic Association. 8 December 2014. Retrieved February 2015. An unbalanced, time consuming, socially isolating diet, which this could easily be, is a sure-fire way to develop nutrient deficiencies, which can compromise health and your relationship with food.</ref>. В исследовании ученых антропологии университета штата Арканзас говорится, что люди жившие в период палеолита не имели болезней цивилизации поскольку продолжительность жизни была в разы ниже нежели у современного человека и древние люди не доживали до развития хронических болезней.<ref>Ungar, Peter S.; Grine, Frederick E.; & Teaford, Mark F. (October 2006). "Diet in Early Homo: A Review of the Evidence and a New Model of Adaptive Versatility" (PDF). Annual Review of Anthropology 35 (1): 209–228. doi:10.1146/annurev.anthro.35.081705.123153.</ref> В другой статье опубликованной под названием "The paleolithic prescription: a program of diet & exercise and a design for living" ученые проводят анализ современного и древнего человека, в итоге сделан вывод, что избыток калорий по отношению к затратам энергии лежит в основе болезней изобилия, а не потребление определенных продуктов. "Проблема здоровья индустриального мира заключается в легкодоступности продуктов питания, а также дисбалансе потребляемой и растрачиваемой энергии".<ref>Leonard, William R. (December 2002). "Food for thought: Dietary change was a driving force in human evolution" (PDF). Scientific American 287 (6): 106–15. PMID 12469653.</ref>

В противовес множеству заключений ученых, Лорен Кордейн, американский ученый, профессор, специалист в области диетологии и основатель диеты, объясняет подобный режим питания следующими факторами:

''"Геном человека сформировался в эпоху палеолита и ранее – следовательно, продукты, появившиеся позже, противоречат генетической структуре человека и правильной системе питания, вследствие чего они приводят к постоянным проблемам со здоровьем. Последователи палеолитической диеты утверждают, что причина, по которой мы должны ее придерживаться, состоит в том, что наш организм, в особенности наша пищеварительная система, приспособился именно к этой пище. Утверждается, что употребление молочных и прочих продуктов, которые были недоступны до появления сельского хозяйства, бросает вызов одновременно и эволюции, и нашему организму. По оценкам польского исследования 2012 года, 70% энергии, необходимой нам ежедневно, человек западного мира получает из пищи, которую первобытные люди ели очень редко или не ели вовсе: молочных продуктов, злаков, рафинированного сахара и переработанных жиров."''

Марлин Зук, биолог-эволюционист из университета Миннесоты в США, автор книги Paleofantasy, говорит, что из-за того, что разные гены изменяются с разной скоростью, нет никаких оснований считать, что современный человек генетически идентичны людям, жившим в эпоху плейстоцена. Эволюция работает не так - она не останавливается, создав "совершенного человека". Люди никогда не прекращали своего развития. Как объясняет Зук, "некоторые из генов, которые мы имели еще в плейстоцене - это те же гены, которые достались нам от живых существ, чьей средой обитания был океан. Тем не менее, никто не предлагает нам питаться, как это делают животные-биофильтраторы".<ref>http://www.bbc.com/russian/science/2014/06/140619_vert_fut_caveman_diet</ref>