Рыбы способны накапливать в организме некоторые токсичные вещества: ртуть, диоксины и др. По этой причине рыбий жир может также содержать эти токсины. Также может снижаться свертываемость крови (необходимо учитывать при употреблении [[Антикоагулянты прямого действия|антикоагулянтов]]). Возможен гипервитаминоз [[Витамин А|витамина А]] при злоупотреблении. Недавно были выявлены новые [[Побочные эффекты омега-3|побочные эффекты омега-3 жирных кислот]]. Длительный прием рыбьего жира нередко вызывает аллергические реакция, чаще всего кожные: сыпь, экзема, которые могут возникать спусть даже многие месяцы приема, и в течении нескольких дней воздержания от любой рыбы проходят.